Ada kalanya jabatan Sekretaris Desa mengalami kekosongan karena purnatugas, meninggal dunia, mundur, diberhentikan, atau berhalangan tetap lainnya. Kekosongan jabatan Sekretaris Desa bisa diisi melalui seleksi maupun mutasi dari perangkat desa yang ada.

Kepala Urusan, Kepala Seksi atau Kepala Dusun dapat dimutasi untuk mengisi jabatan Sekretaris Desa karena kekosongan jabatan atau penataan jabatan. Perangkat Desa yang dimutasi untuk mengisi jabatan Sekretaris Desa harus mempunyai kemampuan teknis sesuai kebutuhan jabatan dan kemampuan mengoperasikan komputer yang mendukung pelaksanaan tugas serta kemampuan memimpin masyarakat Desa.

Sesuai Peraturan Bupati Purworejo nomor 31 Tahun 2023 Tantang Peraturan Pelaksanaan Perda Nomor 12 Tahun 2022 Tentang Pengangkatan dan Pemberhentian Perangkat Desa, Mutasi Perangkat Desa untuk mengisi kekosongan atau penataan jabatan Sekretaris Desa dilaksanakan dengan tahapan kegiatan yang terdiri atas :

1. pengumpulan data dan analisa terhadap persyaratan dalam pengangkatan jabatan Sekretaris Desa yang akan dilakukan oleh Tim Mutasi;
2. Penilaian kinerja pejabat Perangkat Desa yang akan dimutasi untuk mengisi jabatan Sekretaris Desa yang dilakukan melalui oleh uji kelayakan dan kepatutan yang diselenggarakan oleh lembaga Independen.

Uji kelayakan dan kepatutan dilakukan untuk memperoleh pejabat Sekretaris Desa yang jujur, mempunyai integritas, pengetahuan serta kemampuan teknis dan administrasi dalam menjalankan tugasnya. Uji kelayakan dan kepatutan   diikuti oleh Perangkat Desa yang memenuhi persyaratan dalam pengangkatan jabatan Sekretaris Desa, yang paling sedikit terdiri atas:

1. Penilaian kompetensi manajerial, administrasi, dan teknis yang diselenggarakan melalui ujian tertulis dan / atau praktik;
2. Wawancara yang dilakukan dengan memperhatikan hasil seleksi kompetensi manajerial, administrasi dan teknis, paling sedikit mencakup peminatan, motivasi, perilaku, dan karakter serta kemampuan administrasi dan teknis ;
3. Penelusuran rekam jejak jabatan dan pengalaman yang dapat dilakukan kepada atasan dan rekan sejawat serta lingkungan terkait lainnya.

Lembaga Independen menyusun hasil uji kelayakan dan kepatutan yang memuat hasil penilaian kinerja Perangkat Desa yang akan dimutasi dalam jabatan Sekretaris Desa, untuk kemudian disampaikan kepada Kepala Desa melalui Tim Mutasi. Selanjutnya Tim Mutasi menyusun surat rekomendasi kepada Kepala Desa sebagai bahan pertimbangan dalam pengambilan keputusan mengenai Mutasi Perangkat Desa untuk mengisi jabatan Sekretaris Desa. Surat rekomendasi itu  bersifat rahasia, dan memuat usulan Perangkat Desa yang akan dimutasi dalam jabatan Sekretaris Desa.

Teknis pelaksanaan mutasi untuk mengisi jabatan Sekretaris Desa diatur secara detail melalui Peraturan Kepala Desa. Karena jabatan Sekretaris Desa adalah sangat vital dan strategis bagi Pemerintah Desa, maka tatacara dan syarat pengisiannya pun agak berbeda dengan jabatan lainnya.